BgZ to OMOP
0.1.0 - CI build Netherlands flag

BgZ to OMOP - Local Development build (v0.1.0) built by the FHIR (HL7® FHIR® Standard) Build Tools. See the Directory of published versions

Home Page

Official URL: http://hl7.nl/fhir/bgz-to-omop/ImplementationGuide/hl7.fhir.nl.bgz-to-omop Version: 0.1.0
Draft as of 2024-12-06 Computable Name: bgz-to-omop-ig

Pipeline

pipeline

TODO

  • relatie met Vulcan FHIR to OMOP
  • pipeline beschrijven obv HRI hackathon (zie boven)
  • Condition.verificationStatus = confirmed; en hoe doe je dit met de andere resources?
  • metadata toevoegen; periode van de selectie; 1 jaar aan data; query datum; bepaald specialisme; welke organisatie
    • Bulk FHIR obv een cohort/study/registry/group
    • Kan ViewDefinition op ndjson werken ipv Bundle?
  • Pseudostap en tool uitleggen
  • FHIR id's zijn geen integers, moeten via lookup opgezocht worden, dus person_id via lookup naar person.person_source_value == FHIR Patient.id
    • dit geld ook voor codes (naar OMOP vocabulary tables o.a. concept)
    • hoe om te gaan met meerdere codings
  • relevante OMOP logical models toevoegen (o.a. condition_occurrence)
  • FML versie van ViewDefinitions
  • resource type correctie; als je een Condition via een Observation stuurt (e.g. via een SDE), kan je in de OMOP vocabulary vinden dat hier een conversie nodig is via de OMOP Domain ID (= tabel) https://ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm54.html#concept

OMOP Logical Models

Copied OMOP Logical Models from the Vulcan FHIR to OMOP IG.

ViewDefinitions

Dependencies

Package nictiz.fhir.nl.stu3.zib2017#2.2.18

Nictiz NL package of FHIR STU3 conformance resources for HCIM Release 2017. Includes MedMij and HL7 NL.

HCIMs: https://zibs.nl/wiki/HCIMRelease2017(EN)